九三学社的前身为抗日战争后期一批进步学者发扬五四运动的反帝爱国精神，以民主、科学为宗旨，在重庆组织的“民主科学座谈会”，其发起人为许德珩等人。后为纪念1945年9月3日抗日战争和世界反法西斯战争的伟大胜利，该座谈会定名为“九三座谈会”，在毛主席的鼓舞和推动下，改建为“九三学社”，并于1946年5月4日正式成立。建国初期，全国“两院”院士中有三分之一是九三学社社员。九三学社发展成员以大、中城市为主，以科学技术界为主，以有一定代表性的高、中级知识分子为主。截止2014年12月底，九三学社共有地方组织334个，其中省级组织30个，省辖市级组织276个，县级组织28个。全国社员总数149797人。九三学社中央历任主席为许德珩、周培源、吴阶平，现任主席韩启德。

  九三学社哈尔滨市地方组织始建于1955年1月，初期称九三学社中央直属小组，组长朱物华（哈尔滨工业大学副校长、朱自清胞弟），1956年10月30日社中央派专人来哈协助成立了九三学社哈尔滨分社筹备委员会，主任委员朱物华。1958年8月举行了第一届社员大会正式成立了九三学社哈尔滨分社委员会，主任委员刘恢先（哈尔滨工程力学研究所所长、科学院学部委员），1984年12月改称为九三学社哈尔滨市委员会，九三学社哈尔滨市第五届委员会（省、市组织分设后增补），主任委员杨景苏。1997年4月，选举产生九三学社哈尔滨市第八届委员会，主任委员于洪保。2001年8月，选举产生九三学社哈尔滨市第九届委员会，主任委员于洪保。2006年7月，选举产生九三学社哈尔滨市第十届委员会，主任委员为唐春发。2011年7月，选举产生九三学社哈尔滨市第十一届委员会，主任委员唐春发。2016年8月，选举产生九三学社哈尔滨市第十二届委员会，主任委员胡宝忠。

  社员由建立组织初期的5名发展到2016年8月底的1493名。其中，具有高级职称的761人，占社员总数51%；具有中级职称的641人，占社员总数42.9%。科技界793人，占社员总数53.2%；医卫界443人，占社员总数29.6%；其他界别257人，占社员总数17.2%。全社共有4个区委员会、2个行业（系统）委员会、8个专委会以及统战理论研究会和思想建设研究中心，39个支社。社员中有省政协委员3人（其中省政协常委1人），市人大代表6人（其中市人大常委1名），市政协副主席1人，市政协委员35人（常委6人）、区人大代表6人（含区人大副主任1人）、区政协委员60人（含副主席2名，常委9人）。社市委机关现有办公室、组织部、宣传部、参政议政部、社会服务部5个职能处室。